Madrasah Tsanawiyah Muhammadiyah 27 Tlogosadang Paciran berdiri pada tahun 1990 oleh pimpinan ranting Muhammadiyah bagian pendidikan, hal ini merupakan partisipasi nyata untuk mencapai tujuan Muhammadiyah dalam pendidikan.
Adapun yang memprakarsai berdirinya MTs Muhammadiyah 27 adalah para tokoh pada saat itu, diantaranya :
Moh.Cholid MJ.
Drs.Abdul Manaf Natsir.
Moh Umar Yasin.
Drs. Kastar.
Marzuki.
Kemudian dalam perkembangannya mengalami pasang surut, sejak berdirinya sampai sekarang. Hal itu wajar karena dalam menuju kesempurnaan tentu dibutuhkan proses yang menuntut adanya perubahan, pada waktu itu status MTs Muhammadiyah 27 tlogosadang masih berstatus terdaftar maka setiap ujian akhir (EBTA) / (EBTANAS ) masih menggabung dengan MTs lain. Adapun yang pernah menjabat sebagai kepala MTs Muhammadiyah 27 hingga sekarang adalah :
Drs.Abdul Manaf Natsir.
Drs. Masrohan Hidayatulloh.
Mohammad Hasan Abdi, S.T.Â
Yusak Humaidi, S.E
Perubahan Pembelajaran dan Kurikulum menuntut inovasi pendidikan, tepatnya pada tahun 2018 MTs Muhammadiyah melakukan inovasi besar-besaran pada metode pembelajaran, dari yang semua serba manual di update menjadi berbasis Digital dengan berbagai fitur menyenangkan, dimana metode pembelajaran yang biasanya dipakai guru dikelas sudah dirasa tidak relevan dengan pendidikan saat ini.