Struktur Organisasi MTs Muhammadiyah 27 disusun berdasarkan kebutuhan madrasah pada umumnya, dengan memperhatikan kompetensi pada masing-masing guru, supaya bisa menjalankan tupoksinya dengan baik :
Dengan jabaran sebagai berikut :
Kepala Sekolah : Yusak Humaidi, S.E
Bendahara : Dra. Arofah
Operator Madrasah : Ihda Hana Qolbiyah, S.S
Tata Usaha : Salsabila Ali
PKM Kurikulum : Fidiyawatir Rohmah
PKM Kesiswaan : Iqbal Maulidy
PKM Sarpras : Mubin
PKM Humas : Ahmad Yani, S.Pd, M.Pd
PKM Perpustakaan : Ani Mufthiroh, S.Pd, M.Pd
Koordinator BP : Ahmad Syafi'
Ka. Lab Komputer : Hamdan Sobri Andika, S.Kom
Petugas Lain : Budi Setiawan
Wali Kelas VII : Ema Rozalinah, S.Pd
Wali Kelas VIII : Hamdan Sobri Andhika, S.Kom
Wali Kelas IX : Erma Ika Lestari, S.Pd